La prima ferrovia di Porto Torres fu inaugurata nel 1872. L’edificio dell’attuale Museo del Porto aveva la funzione di magazzino e ufficio spedizioni per le merci che potevano viaggiare a piccola velocità. Per questo motivo è conosciuto da tutti con il nome de “La Piccola”.
Dopo due anni di restauro, il Comune di Porto Torres ha deciso che la struttura dovesse essere destinata alla conservazione della memoria del cambiamento subito dalla città con lo sviluppo del suo Porto. All’interno, la posizione delle vetrate ricorda la forma di una nave e sono proiettati dei filmati riguardanti la prima e la seconda metà del Novecento.
Oggi ospita anche la mostra dedicata alla Vela Latina, denominata "La cultura turritana del mare", con modellini di barche e strumenti molto antichi usati per la costruzione delle imbarcazioni a vela latina. Queste ultime, infatti, sono la memoria della tradizione marinaresca della città e della sua antica economia. Una memoria da salvaguardare e tramandare.
Il Museo ospita, inoltre, il Memoriale della Corazzata Roma e delle navi Vivaldi e Da Noli, per ricordare i circa 1700 uomini di mare che morirono in seguito all'affondamento delle tre imbarcazioni nel Golfo dell'Asinara, il 9 settembre del 1943.